Painel Genético para Leucemia Linfoblástica Aguda

Sobre o exame

O painel de mutações para Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA) está baseado no sequenciamento de nova geração de 51 genes (37 genes completos e 14 genes com regiões hotspot) e de região de fusão de 27 genes principalmente envolvidos na LLA.

São verificadas as seguintes alterações:

- alterações de nucleotídeo único (SNVs),

- pequenas inserções e deleções (INDELS)

- fusões gênicas

O ensaio fornece o perfil de mutações e o percentual de apresentação das variantes, ao diagnóstico e em amostras pós-tratamento, porém para estas últimas a sensibilidade pode, eventualmente, ser insuficiente.

Lista dos 51 genes avaliados com os respectivos éxons de interesse (para alterações de SNV e INDELS por sequenciamento de DNA):

ABL1 (4-9); AFF1 (completo); ATM (completo); BRAF (6, 11-16, 18); CDKN2A (completo); CDKN2B (completo); CEBPA (completo); CREBBP (completo); CRLF2 (completo); DNMT3A (completo); EPOR (completo); ERG (completo); ETV6 (completo); EZH2 (completo); FAT1 (2‡; 8; 9; 10‡; 13; 16; 21; 22‡; 25‡; 27‡); FAT3 (1‡; 9‡; 10; 11; 15; 18‡; 23‡; 25‡); FBXW7 (9-12); FLT3* (11, 14-21); GATA3 (completo); IDH1 (4); IDH2 (4); IKZF1 (completo); IKZF2 (completo); IKZF3 (completo); IL7R (completo); JAK1 (completo); JAK2 (completo); JAK3 (completo); KRAS (completo); LEF1 (1, 2 e 3); LYL1 (completo); MLLT1 (completo); NOTCH1 (3-6, 8, 10, 13, 15, 17, 18, 20, 25-28, 32-34); NRAS (2 e 3); P2RY8 (completo); PAX5 (completo); PHF6 (completo); PTEN (completo); PTPN11 (1-4, 6-13); RB1 (completo); RUNX1 (completo); SH2B3 (completo); STAT3 (completo); STAT5B (completo); TCF3 (completo); TET2 (1); TLX3 (completo); TP53 (completo); TYK2 (completo); U2AF1 (2, 6, 8); WT1 (completo).

*Variantes do tipo ITD (duplicação interna em tandem) no gene FLT3 são pesquisadas por meio da técnica de eletroforese capilar.

‡ cobertura parcial do exon.

Lista dos 27 genes principais para análise de fusões

ABL1; ABL2; CRLF2; CSF1R; EPOR; ERG; ETV6; FGFR1; FLT3; IKZF1; IKZF2; JAK2; KMT2A; MEF2D; MKL1; MLLT10; NF1; NOTCH1; NUP214; NUTM1; PDGFRA; PDGFRB; RUNX1; SS18; TAL1; TCF3; ZNF384.

As fusões envolvendo os 27 genes principais podem ocorrer com diferentes genes parceiros, totalizando 100 fusões conhecidas (lista abaixo). Além disso o nosso teste é capaz de detectar fusões envolvendo os 27 genes com novos parceiros.

Lista das 100 fusões conhecidas analisadas:

BCR::ABL1; ETV6::ABL1; NUP214::ABL1; RANBP2::ABL1; RCSD1::ABL1; PAG1::ABL2; RCSD1::ABL2; ZC3HAV1::ABL2; NF1::ASIC2; MEF2D::BCL9; IGHJ5::CRLF2; IGHJ6::CRLF2; P2RY8::CRLF2; MEF2D::CSF1R; SSBP2::CSF1R; MEF2D::DAZAP1; ERG::DUX4; IGHJ5::EPOR; IKZF2::ERBB4; JAK2::ETV6; MN1::ETV6; RUNX1::ETV6; BAG4::FGFR1; ERLIN2::FGFR1; ETV6::FLT3; NOTCH1::GABBR2; TCF3::HLF; MEF2D::HNRNPUL1; DNAH14::IKZF1; ETV6::ITPR2; BCR::JAK2; ETV6::JAK2; PAX5::JAK2; PCM1::JAK2; SEC31A::JAK2; SSBP2::JAK2; STRN3::JAK2; RBM15::MKL1; ETV6::MN1; FLT3::MYO18A; SEC16A::NOTCH1; ETV6::NTRK3; DEK::NUP214; ACIN1::NUTM1; CUX1::NUTM1; IKZF1::NUTM1; SLC12A6::NUTM1; JAK2::PAX5; TCF3::PBX1; JAK2::PCM1; BCR::PDGFRA; FIP1L1::PDGFRA; AGGF1::PDGFRB; DOCK2::PDGFRB; EBF1::PDGFRB; ETV6::PDGFRB; SATB1::PDGFRB; FGFR1::PLAG1; ETV6::RUNX1; RUNX1::RUNX1T1; MEF2D::SS18; FGFR1::TACC1; STIL::TAL1; IKZF1::TYW1; FGFR1::ZNF703; FUS::ERG; MNX1::ETV6; ETV6::MECOM; PICALM::MLLT10; SET::NUP214; EP300::ZNF384; TCF3::ZNF384; CREBBP::ZNF384; BRD4::NUTM1; KMT2A::SEPT9; KMT2A::MLLT10; KMT2A::MLLT3; KMT2A::MLLT6; KMT2A::ACTN4; KMT2A::EPS15; KMT2A::MLLT11; KMT2A::MLLT4; KMT2A::SEPT6; KMT2A::ABI1; KMT2A::ELL; KMT2A::AFF1; KMT2A::CEP170B; KMT2A::SEPT2; KMT2A::AFF4; KMT2A::AFF3; KMT2A::TET1; KMT2A::KNL1; KMT2A::ARHGAP26; KMT2A::CREBBP; KMT2A::FOXO3; KMT2A::SEPT5; KMT2A::GAS7; KMT2A::EP300; KMT2A::MLLT1; KMT2A::CASP8AP2.

OBSERVAÇÃO 1: A fusão de BCR-ABL1 possui limite de detecção de 10% na escala internacional. Para acompanhamento de detecção da fusão BCR-ABL1 é indicado o teste de alta sensibilidade por PCR em tempo real (QBCRABL ou PH1PCR).

GenBank (GRCh37 / hg19) dos 51 genes analisados (SNVs e InDels): (para alterações de SNV e INDELS por sequenciamento de DNA):

ABL1 (NM_007313); AFF1 (NM_005935); ATM (NM_000051); BRAF (NM_004333); CDKN2A ( NM_001195132); CDKN2B (NM_004936); CEBPA (NM_004364); CREBBP (NM_004380); CRLF2 (NM_022148); DNMT3A (NM_153759); EPOR (NM_000121); ERG (NM_004449); ETV6 (NM_001987); EZH2 (NM_004456); FAT1 ( NM_005245); FAT3 (NM_001008781); FBXW7 (NM_033632); FLT3 (NM_004119); GATA3 (NM_002051); IDH1 (NM_005896); IDH2 (NM_002168); IKZF1 (NM_001220765); IKZF2 (NM_016260); IKZF3 (NM_012481); IL7R (NM_002185); JAK1 (NM_002227); JAK2 (NM_004972); JAK3 (NM_000215); KRAS (NM_004985); LEF1 (NM_001130713); LYL1 (NM_005583); MLLT1 (NM_005934); NOTCH1 (NM_017617); NRAS (NM_002524); P2RY8 (NM_178129); PAX5 (NM_016734); PHF6 (NM_032458); PTEN (NM_000314); PTPN11 (NM_002834); RB1 (NM_000321); RUNX1(NM_001754); SH2B3 (NM_005475); STAT3 (NM_139276); STAT5B (NM_012448); TCF3 (NM_003200); TET2 (NM_001127208); TLX3 (NM_021025); TP53 (NM_000546); TYK2 (NM_003331); U2AF1(NM_001025203); WT1 (NM_024426).